A Pázmány Péter (1950-től Eötvös Loránd) Tudományegyetem Bölcsészeti Karára az „állatrendszertan” professzorának kinevezett Dudich Endre (1895-1971) akadémikus 1934-ben megalapította az Állatrendszertani Intézetet. Harminchárom évig tanszékvezetőként szervezte és vezette a rendszertani, biogeográfiai, hidrobiológiai és ökológiai oktatást és kutatást. 1952-ben a Magyar Tudományos Akadémia támogatásával létrehozta a tanszékhez kapcsolódó Talajzoológiai Kutatócsoportot, mely jelenleg Zootaxonómiai Kutatócsoportként működik. 1956-ban elindította az Opuscula Zoologica című tanszéki folyóiratot, majd 1958-ban megalapította a Dunakutató Állomást, melyet 1970-ig vezetett.

A tanszéket 1967 és 1987 között vezető Balogh János akadémikus (1913-2002) javaslatára 1973-ban az Állatrendszertani és Ökológiai Tanszék nevet kapta.

A tanszék feladata néhány szupraindividuális biológiai diszciplína magas szintű oktatása a BSC, az MSC és a PhD képzés keretén belül. A taxonómiai, szisztematikai és biogeográfiai oktatásunk elősegíti a földi biodiverzitás jobb megismerését. Az ökológiai, talajzoológiai, viselkedés- és közösségökológiai, hidrobiológiai valamint természetvédelmi képzésünk megbízható alapot ad a populációk között zajló folyamatok megismeréséhez és a biológiai sokféleség megőrzéséhez. A fenti tárgyakhoz kapcsolódó korszerű kiegészítő képzéseinkkel segítjük mind az elméleti, mind a gyakorlati szakembereket, hogy folyamatosan frissíthessék tudásukat.